ストーリーモード

概要

必要クレジット　1クレジット＝2プレイ/コンテニューあり：1クレジット
全国マッチング：あり。ただしマッチング無しも選択可能(ソロ/店内協力/全国)
カード：不要/認証した場合ストーリーポイントなどのデータが保存される

新たに設けられた１人～４人用対ＣＰＵ戦モード。対戦をしつつストーリーを進めていく。実質前作のミッションモードに近い。
今作では店内、全国マッチング機能を備えているため、初心者でも対CPU戦をプレイしやすくなっている。
簡単な連携やシンボルチャットの練習にもなるので、全国対戦の足がかりとしてプレイするのもアリ。
ただし、全国対戦と違いアイテムのドロップは無く（称号はストーリーポイントの蓄積でゲットできるもののみ取得可）、
ウェポンパックの経験値も溜まらないので、チューンレベル上げるなら全国対戦するしかないのでこれも注意。
取得ＧＰはVer.1.11より１００ＧＰ固定（ＧＰボーナスは適用される）となった。

ゲームの流れ

ネシカ認証＞キャラクター選択＞コイン投入＞モード選択＞マッチング形式選択＞ウェポンパック選択、ブリーフィング＞試合開始
【勝敗決定後】
・プレイ数が残っていれば全国対戦同様ウェポンパック選択、ブリーフィングへ
・ストーリーポイントが一定以上、または条件を満たせばストーリーデモが流れる（ストーリーデモ、サブストーリーの欄を参照）
・プレイ数消化すればゲームオーバー。また、失敗するとコンテニュー画面になり、カウント０でゲームオーバー、タイトルへ。（店舗によってはコンテニューできない？）

注意点

各勢力各キャラのストーリーポイントが０のとき（初回プレイ時含む）、ムービーが挿入され、全国マッチや店舗内マッチができない。
友達と一緒にプレイしたい場合はまずそのキャラ・勢力で一回クリアしておく必要がある。

制限時間,コスト,勝敗

制限時間は180秒。自陣営は必ずコスト10000でゲームがスタート。
クリア条件は２種類あり、ひとつは全国対戦同様敵陣営（ゲーム内では「敵勢力」と呼称）の勢力ゲージを０にする。
もうひとつは敵陣営にターゲットとなる敵が存在し、その敵を倒した時点でクリアとなるパターン。
この場合敵をいくら倒してもターゲットを倒さない限りクリアとならない。
どちらのクリア条件でも、自陣営の勢力ゲージが０になるか、制限時間が無くなると失敗となる。

ステージ

ステージはゲーム開始後にランダムで指定される。
稼働開始時、選択されるステージは以下の通り。

東京-秋葉原
大阪-日本橋
フロンティアS-旧渋谷区荒廃地区
第十七極東帝都管理区-NEO SHIBUYA
京都-鴨川

Ver. 1.09より追加

兵庫-三宮

以下ストーリーモード限定のステージと簡単な解説

フロンティアS-旧渋谷区荒廃地区（カルティケーヤ戦用）

対カルティケーヤ戦用にマップ中央が平坦になったマップ。それ以外は通常の旧渋谷と変わらないので、ビルの裏に隠れながら衛星砲もできる。

第十七極東帝都管理区-NEO SHIBUYA（カルティケーヤ戦用）

対カルティケーヤ戦用に上層が取り払われたマップ。上層を支える支柱も薄型モニターも無く、隅の山以外は本当になにも無い。
いわゆるプレーンステージと化している為隠れる場所が無いので、敵も味方もどんな攻撃でも通る状態であることに注意。
また、リザルト位置が通常のものと異なる。（通常のネオシブヤのリザルト位置が上層で行われるのに対し、上層部が消失している為）

ストーリーポイント

プレイリザルトによりもらえるポイント。一定数ためると次のストーリーデモを閲覧することが出来る。
公式では初回で流れるデモを第１話とし、以降ポイントを貯めてデモが流れるまでの間を第２話、第３話、と区切っている模様。
また、公開されているストーリーを全部見ると、それ以上はポイントが貯まらない。
現在公開されているのは、全員第４話（4200pt）まで。

ストーリーデモ

ストーリーポイントが一定数貯まると挿入されるデモの他、
一定数貯まっていない上でプレイ数が無くなった時には各キャラがオペレーターの久美と会話するデモが挿入される。
なお、デモ時のキャラの服装は自キャラのみカスタマイズが反映され、他のキャラは各勢力のデフォルト衣装になる。
ちなみに、ポイントを貯めて見るデモの方は第１話を除き、各勢力・各キャラごとに一度しか見れない貴重なもの。
久美との会話は成績によって変わる。判定基準はそのプレイで最後の戦闘時のリザルト？

サブストーリー

ストーリーポイントが一定数になった時以外の対戦で、味方に特定のキャラが居ると発生する小話。
その時の使用キャラごとに特定のキャラが味方にいると、久美との会話もキャンセルして挿入される。キャラの勢力は関係なし（？）